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Clean Code se divide en tres partes. El primero describe los principios, patrones y prácticas para escribir código limpio. La segunda parte consta de varios estudios de casos de complejidad creciente. Cada estudio de caso es un ejercicio de limpieza del código, de transformación de un código base que tiene algunos problemas en uno sólido y eficiente. La tercera parte es la recompensa: un solo capítulo que contiene una lista de heurísticas y "olores" recopilados al crear los estudios de casos. El resultado es una base de conocimiento que describe la forma en que pensamos cuando escribimos, leemos y limpiamos código.